All'interno dell'ICB è presente un'efficiente rete di collaborazioni fin dalla sua nascita. Ma l'ICB è una realtà scientifica molto dinamica e proiettata verso l'esterno. In alcune sedi, ad esempio Padova, la collaborazione con l'Università è legata all'originarsi delle sezioni da ex-Centri del CNR. Oggi, una serie di convenzioni regolano, anche a Napoli, Sassari e Catania, le collaborazioni con le Università locali.

Numerose collaborazioni sono state avviate col mondo industriale non solo nazionale. Fittissima è la rete di collaborazioni con gruppi di ricerca stranieri. Alcune di queste collaborazioni sono spontanee mentre molte sono formalizzate nei protocolli d'intesa del CNR e del Ministero degli Affari Esteri.