Amodeo Pietro

Amodeo Pietro

    • Researchers
  • 05 Novembre 2014
  • 1032

PERSONAL DETAILS


Profile: Primo ricercatore

Office location: Napoli

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Work phone #: +39-0818675072

Biography:

Istruzione e formazione:

1986 - Diploma di Laurea in Chimica (indirizzo Organico-Biologico), Università degli Studi “Federico II” di Napoli - Tesi: “Interazioni Intermolecolari in Modelli di Soluzioni Acquose di Ammidi e Uree”, relatori: Prof. Guido Barone e Prof. Francesco Lelj

1986 - Abilitazione all’esercizio della professione di Chimico - Università degli Studi “Federico II” di Napoli 1990 Dottorato di Ricerca in Scienze Chimiche, Università degli Studi “Federico II” di Napoli - Tesi: “Influenza delle Interazioni Locali e a Lungo Raggio su Reattività e Stabilità Strutturale di Biomolecole e Loro Composti Modello” , tutore: Prof. Vincenzo Barone, relatore: Prof. Paolo Corradini

Esperienza lavorativa:

1986-87 Borsa di studio - Dipartimento di Chimica, Università degli Studi di Siena, gruppo diretto dal Prof. Rolando Barbucci - Tematica: Sviluppo di modelli computazionali per la comprensione di dati perimentali, interfacciamento tra apparecchiature sperimentali e computer per l'acquisizione e l'elaborazione di dati, limitata attività di laboratorio per l'esecuzione degli esperimenti e la preparazione e la standardizzazione dei reagenti

1990-91 - Borsa di studio biennale C.N.R.-MISM (Legge 1/8/88 n.326) - Istituto per la Chimica di Molecole di Interesse Biologico (ICMIB) del CNR - Tematica: “Sviluppo di Metodi Combinati NMR-Teorici per lo Studio di Struttura e Dinamica di Peptidi Modello”

1992-93 - Borsa di studio biennale post-dottorato - Dipartimento di Chimica, Università degli Studi “Federico II” di Napoli - Progetto: “Studio di Peptidi Flessibili Mediante Simulazione di Dati NMR da Strutture Ottenute con Metodi Teorici Basati su Funzionali Empirici dell’Energia Potenziale”

1995 - Borsa di studio bando C.N.R. n° 201.19.1 del 30-11-94, raggruppamento 03.01.23 - Istituto per la Chimica di Molecole di Interesse Biologico (ICMIB) del CNR - Tematica: “Studi strutturali e conformazionali di macromolecole biologicamente attive: metaboliti secondari, peptidi e proteine” 

1995-97 - Professore a contratto, Università degli Studi di Salerno - corso di Spettroscopia Molecolare - anni accademici 1995-96 e 1996-97 1996-98 - Contratti di collaborazione professionale, Istituto per la Chimica di Molecole di Interesse Biologico (ICMIB) del CNR - Tematiche: Ricerca e sviluppo di software per la chimica computazionale e la gestione di dati sperimentali, con interfacciamento a spettrometri NMR.

1998 - EMBO Short-term fellowship, National Institute for Medical Research (NIMR) del MRC Ridgeway, Mill Hill, Londra (UK) - Progetto “Modelling of titin type I module family”, gruppo di “Molecular Structure” diretto dalla Dr. A. Pastore

4/1/1999 – 3/5/2006 - Ricercatore a tempo indeterminato, Istituto di Chimica Biomolecolare (ICB) del CNR

4/5/2006 ad oggi - I Ricercatore a tempo indeterminato, Istituto di Chimica Biomolecolare (ICB) del CNR


SCIENTIFIC ACTIVITIES


Interests

Campo di attività: Chimica computazionale e simulazione di sistemi biomolecolari complessi, drug design, sviluppo di banche dati molecolari.

Interessi: L'attività di ricerca del Dr. Amodeo si è inizialmente rivolta allo studio ed allo sviluppo di tecniche di simulazione molecolari e delle forme funzionali, con relativi parametri, che sono alla base della meccanica e dinamica molecolare (pubbl. 1). La collaborazione con gruppi che si occupavano dello studio strutturale in soluzione di peptidi e proteine mediante NMR ha introdotto la tematica dell'uso combinato di dati sperimentali nella modellazione e determinazione strutturale di biomolecole (pubbl. 2-4,6,8), con particolare interesse ai casi in cui equilibri conformazionali in soluzione e/o scarsità dei dati dovuta a simmetrie o complessità del sistema rendessero impossibile l'impiego di protocolli standard. L'impiego di dati sperimentali è stato poi esteso a tecniche quali la spettrometria di massa, che forniscono informazioni strutturali non canoniche, al più semiquantitative ed in quantità esigue. Successivamente, l'attività si è spostata alla modellazione pura, con integrazione di dati biochimici, ed al drug design (pubbl. 5, 7, 9, 10). In tale ambito, le principali linee di attività hanno riguardato e tuttora riguardano: il drug design di peptidi e composti biomimetici bioattivi (pubbl. 9), l'identificazione di composti bioattivi mediante screening in silico, con particolare riguardo alle molecole di origine naturale (pubbl. 10), la determinazione di relazioni struttura-attività e la modellazione di proteine e loro complessi. Tra i target più studiati possono essere citati il recettore di chemochine CXCR4, coinvolto in importanti patologie e processi biologici, i recettori nucleari PPAR, di interesse per l'obesità, il diabete e alcune forme tumorali, e le proteine coinvolte nella regolazione redox cellulare. Infine, il Dr. Amodeo ha intrapreso la progettazione di una banca dati biomolecolare funzionale sia alle principali linee di attività presenti all'ICB, sia agli aspetti strutturali e modellistici implicati nella ricerca di nuove attività delle molecole depositate. Al momento la prima versione pubblica, che ancora manca della parte 3D, è in fase di riempimento e rilascio (vedi link sotto).

Major publications

  1. Amodeo P, Barone V (1992) A new General Form of Molecular Force Fields. Application to Intra- and Interresidue Interactions in Peptides J Am Chem Soc, 114:9085-9093
  2. Amodeo P, Castiglione Morelli MA, Motta A (1994) Multiple conformations and proline cis-trans isomerization in salmon calcitonin: a combined nuclear magnetic resonance, distance geometry, and molecular mechanics study Biochemistry, 33(35):10754-62
  3. Motta A, Amodeo P, Fucile P, Castiglione Morelli MA, Bremnes B, Bakke O (1997) A new triple-stranded alpha-helical bundle in solution: the assembling of the cytosolic tail of MHC-associated invariant chain Structure, 5(11):1453-64
  4. Amodeo P, Castiglione Morelli MA, Strazzullo G, Fucile P, Gautel M, Motta A (2001) Kinase Recognition by Calmodulin: Modeling the Interaction with the Autoinhibitory Region of Human Cardiac Titin Kinase J Mol Biol, 306(1):81-95
  5. Amodeo P, Fraternali F, Lesk AM, Pastore A (2001) Modularity and Homology: II. Modelling of the titin type I modules and their interfaces J Mol Biol, 311(2):283-96
  6. Raimondo D*, Andreotti G*, Saint N*, Amodeo P*, Renzone G, Sanseverino M, Zocchi I, Molle G, Motta A, Scaloni A. (2005) *=Equally-contributing A folding-dependent mechanism of antimicrobial peptide resistance to degradation unveiled by solution structure of distinctin Proc Natl Acad Sci U S A, 102(18):6309-14
  7. Dal Monte M, Del Corso A, Moschini R, Cappiello M, Amodeo P, Mura U. (2005) Zofenoprilat-glutathione mixed disulfide as a specific S-thiolating agent of bovine lens aldose reductase Antioxid Redox Signal, 7(7-8):841-8
  8. Amodeo P, Castiglione Morelli MA, Ostuni A, Battistuzzi G, Bavoso A. (2006) Structural features in EIAV NCp11: a lentivirus nucleocapsid protein with a short linker Biochemistry, 45(17):5517-26.
  9. Portella L, Vitale R, De Luca S, D'Alterio C, Ieranò C, Napolitano M, Riccio A, Polimeno MN, Monfregola L, Barbieri A, Luciano A, Ciarmiello A, Arra C, Castello G, Amodeo P, Scala S (2013) Preclinical development of a novel class of CXCR4 antagonist impairing solid tumors growth and metastases. PLoS One, 8(9):e74548. doi: 10.1371/journal.pone.0074548. eCollection 2013. PMID: 24058588
  10. Vitale RM, Gatti M, Carbone M, Barbieri F, Felicità V, Gavagnin M, Florio T, Amodeo P (2013) Minimalist hybrid ligand/receptor-based pharmacophore model for CXCR4 applied to a small-library of marine natural products led to the identification of phidianidine a as a new CXCR4 ligand exhibiting antagonist activity. ACS Chem Biol, 8(12):2762-70. doi: 10.1021/cb400521b. Epub 2013 Oct 30. PMID: 24102412

Keyword

Chimica Computazionale, Drug Design, Modellazione Molecolare, Relazioni Attività-Struttura, Biomolecole, Simulazione Molecolare, Banche dati molecolari


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